FISA ofrece diversas opciones de auditoria. Pudiendo ser generales o específicas y teniendo como opción el cubrir toda la operación o un solo proceso o línea de un producto. Las auditorias coordinadas de un sistema de calidad, en conjunto con frecuentes inspecciones profundas al saneamiento ambiental, son el mejor camino para prevenir problemas relacionados a la protección de alimentos.

Los auditores de FISA están capacitados para buscar, evaluar, corregir y prevenir la recurrencia de cualquier deficiencia en el saneamiento o inocuidad alimentaria. Los profesionales de FISA están entrenados para detectar cualquier descuido, físico, químico, biológico y operacional que no siempre es evidente para otros. Los posibles riesgos a la salud son siempre la mayor prioridad durante cualquier procedimiento de detección realizado por FISA.

FISA está preparada para calificar las auditorias usando diferentes procedimientos de evaluación existentes o puede desarrollar un sistema de calificación o escalafón especifico para cada planta u operación en particular. Un sistema puede que no sea totalmente apropiado para todos, pues un desempeño aceptable no es igual para almacenes, para operaciones de alimentos, para plantas farmacéuticas o industrias de alimentos para animales. FISA puede adecuar el sistema de evaluación (numérico, alfabético o narrativo) según lo requiera su empresa.

Como un beneficio adicional es el identificar condiciones que puedan actuar en detrimento de la operación de alimentos; los profesionales de FISA hacen recomendaciones para soluciones prácticas. Ellos están calificados para hacer esto porque cuentan con experiencia en los mismos incidentes y tienen la capacidad de resolver la mayoría de las areas de oportunidad.

Las auditorias de FISA evalúan:

• Resultados de limpieza, métodos, herramientas y materiales.
• Sistema de calidad y programas de inocuidad alimentaria.
• Métodos y resultados de la protección a alimentos desde el suministro de materias primas hasta el embarque.
• Prevención y control de la contaminación por sustancias extrañas.
• Prácticas operacionales comparadas contra las Regulaciones de Buenas Prácticas de Manufactura.
• Los procedimientos y resultados del control de plagas.
• La higiene y comportamiento del personal.

Al final de cada auditoria los hallazgos y recomendaciones se revisan personalmente con el encargado de la empresa y con su personal. Si el sistema de evaluación lo requiere la calificación es reportada en ese momento.